Het LEI werkt samen met veel andere onderzoekinstituten en universiteiten. Soms langdurig en strategisch, soms op het niveau van tijdelijke projecten.
De meest structurele vorm van samenwerking is die met het Departement Maatschappijwetenschappen van Wageningen Universiteit. Samen met dit Departement vormen wij de Social Sciences Group van Wageningen UR.
Hier volgen een aantal van de overige contacten, waaronder die met andere onderdelen van Wageningen UR. Ze zijn ingedeeld vanuit vier gezichtspunten: